در تنظیم آینه لیزر قرار گرفتن اشعه لیزر در وسط آینه لیزر کمک شایانی در جلوگیری از تلفات می کند. البته این موضوع بدین معنی نیست که قرا گرفتن پرتو در حول نواحی مرکزی آینه لیزر نشان دهنده ی تنظیم نبودن آن باشد. این موضوع صرفا برای بهینه سازی مورد نظر است.
برای تنظیم کردن آینه ها آینه اول (Y) بعد از مطمئن شدن از قرارگیری در فاصله مناسب از تیوپ لیزر باید محور Y را تا حد امکان به انتهای دستگاه لیزر یا بالای میز حرکت داد سپس با استفاده از یک چسب کاغدی یا اکرولیک جهت نشان دادن محل برخورد روی آینه لیزر متحرک X قرار داد.